今年（2016年）过年期间去了日本，因为自己也算是一个车迷，所以在日本特意坐了一次新干线，上越、东北新干线，上野-东京，距离按说是最短的，但也算是体验吧。
新干线票价大概相当于国内G字头车票价的2-4倍（看距离），我坐这一段票价是1020日元（自由席），相当于60块钱人民币，国内相同长度大概不超过15块钱，如果是指定席，会更贵。东京到新大阪指定席票价大概2万日元，折合人民币1000多，距离500公里左右，这个距离类似郑州到武汉，国内G字头二等座票价244元，一等座391元。新干线票价范围变化很大（指定席、自由席、不同速度的车价格也不同，有上下几千日元的差别），国内票价距离相等的情况下都是一样的，个人认为日本的这种计价方式更科学，但国内确实也很难改变现在的这种计价模式（国内计价方式：高铁的票价怎么规定的？是按里程还是地域还是别的？ - 中国铁路高速（CRH））。
班次密度上跟国内基本相当。因为日本没有跨线车（几乎没有），高峰时刻比国内要多一些（新干线高峰是3分钟一班，国内高峰是5分钟一班，京沪高铁徐蚌段据说能达到4分钟的行车间隔），有跨线车的好处就是你从哈尔滨坐到上海虹桥不需要换乘，而如果没跨线车，就至少要在中间站（比如天津南）换一下。在日本如果跨线坐车，则必须换乘（如从仙台到新大阪，需要在东京换乘），有没有跨线需要考虑具体旅客的习惯以及国内线路的情况，至少现阶段来说，国内高铁跨线也是有合适的。国内跨线车会破坏时刻表，导致线路通行能力下降。
车票分为指定席和自由席，自由席可以理解为无座票，但自由席比指定席要便宜（看距离），自由席就是自己找坐，但有可能在高峰期无座，国内高铁大部分都是有座票，只有少数线路（或者春运期间）会卖少量无座票，国内有座票和无座票价格相同（仅限二等座），新干线高峰期站票人会很多。工作日非高峰期的上座率也很低，我坐的那趟是周一下午4点多，就没几个人。
速度并不快，不仅仅是我坐的这一段慢，实际运营速度最高大概是275左右，国内是300，旅速看情况，跟感觉上跟国内差不多，只是稍慢点（看具体车次了）。车开的不是特别稳，怀疑是弯道太多（新干线曲线半径比较小，国内高铁曲线半径大，比较平稳）。东京-新大阪最快2个半小时，郑州-武汉最快2小时。站站停的新干线是4小时，国内G车最慢是3小时，D车是4小时（但D车票价差不多是G车的2/3）。
对比国内动车，只能说新干线比较干净，但绝对不是很新，至少我坐的那趟挺旧的，内饰（没拍照）跟国内动车很像，基本上跟CRH2系列差不多，不管是座椅、行李架、卫生间，能明显看出使用过的痕迹（如掉漆、划痕等），车窗玻璃、座椅倒是非常干净。看到别的回答里拍的很好看的图，我觉得那些要么是一等座，要么是新车，实际新干线上跑的车并不都是新车。
购票不需要证件，可以在机器上买，但机器感觉不如国内的自动售票机好用，至少英语界面不好用（我研究了很久），机器上没有图（国内自动售票机都会有线路图可以选择）。自动售票机也能看出来用了很多次的那种（很多油漆都掉了），至少外观上看不是很新的。英文界面打出的票是带英文注释的，日文界面打出的票只有日文，这一点比国内的友好（国内车票坐席号那都是中文）。自动售票机对于中国人来说很难用，因为日文地名汉字与发音并不同，所以不管日文还是英文都很难拼出来。
车票改签方便，没试过一共能改签几次，但据说能改签很多次（3次？），国内铁路只能改签一次，没尝试退票。可以在购票机上选座，比如选过道还是窗口之类的，这一点国内是不支持的。
进站无安检，从JR站进去需要过两道检票口（机器检票），站内结构很复杂，车站内没有候车室的概念（没有国内那种大量的候车厅座椅），有人提到站内换乘很方便，但前提是能看明白标识，我觉得新干线和国内的站内换乘在设计上差别不太大（因为国内要查票，多一道手续），我第一次去坐也有点懵。因为没安检，所以高峰期的时候客流量极大（有大量的JR旅客）。
日本和国内大型火车站相似的问题是车站出口太多，头一次去根本找不到出口在哪（最复杂的倒不是新干线而是JR，尤其是新宿站）。
车站内部有很多商业设施，比如商店之类的，位于检票口里面，不像国内的商铺都在检票口外面（国内：安检口->候车厅、商铺->检票口->站台，日本：检票口->商铺->站台），站内商铺充当了类似候车厅的角色。
有人提到厕所、行李架的不同，我觉得这个要分车型，国内也有厕所很大的（残疾人卫生间）和大型行李架（但国内没有密码锁），以及各种电子门。因为国内的动车组技术来源太复杂，所以不同车型区别也很大，CRH2型车跟我坐的这个差别就不怎么大。座席大小（E7/二等座）没感觉有太明显的差别。日系车的硬件的最大优点是每排座位都有自己的车窗（小窗）。
车内椅背后面不提供垃圾袋。车站内几乎没有垃圾箱（很难找到），旅客要自己收拾垃圾并处理，这是日本人生活习惯的问题，日本公共场合的垃圾箱本来也不多，居民需要自己把垃圾分类。
车内比较安静（我上车的时候人本身就比较少），但高峰期怎么样不清楚，都说日本人在火车上不打电话，但我就遇到过（JR山手线上，说日语，日文手机界面，要有人非说是留学生干的我也没办法），所以只能说相对而言更安静。
部分车站是和老站在一起的，但也有新建的比较偏僻的车站，但由于新干线历史很长，当年相对偏僻的车站现在也都不偏僻了。其实也可以推测出，未来国内高铁站附近也会发展出很多配套设施。
整体来看，硬件条件基本上差不多，国内服务和流程的某些方面有待提高，国内性价比更高。如果不是频繁的往来日本之间的几个城市，不建议坐新干线（太贵），买打折机票也是不错的选择。

当时的车票：

补充一下：其实国内铁路有些服务也是很到位的，只不过旅客不知道，比如：站内直接换乘，大部分枢纽站都有；坐错了免费送回，找乘务员开个证明就可以；免费改签、没赶上车改签等等。车型方面某些差距是存在的（车内设施），但考虑到国内铁路长期运力不足，怎么把人运过去只最主要的任务，其余的都不是重点。如果比设施的话，国内普铁也有一人软包，足够高端大气上档次。
国内外旅客素质差异确实很大，但如果去坐一等座（票价只有新干线的一半），熊孩子之类的会少很多。旅客的不文明行为也不是铁路希望看到的。至少对于卫生间的卫生来说，国内铁路打扫的也是很勤快的。
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再补充，不要把日本的 JR、 私铁、 新干线、 地铁弄混了，这是完全不同的概念。
JR类似于国内的普速车（K/T/Z），同时也承担类似地铁的通勤任务，所以客流量很大，外观上看跟地铁也差不多，价格也相对亲民（起步价120-140，单位日元，下同）；
私铁性质上跟JR一样，但JR算是国有的（政府控股+民营合资），私铁是私有的，可以理解为民营企业运营，有些票价比JR贵；
新干线类似于国内的高铁，有专用的线路跑（JR是跑在老线路上，窄轨），标准轨宽度，坐新干线有时候要过两个检票口，一个是JR的，另一个才是新干线的检票口；
地铁则是另外一套轨道交通系统，比如东京地铁（Tokyo Metro），性质上属于国有（东京都交通局、东京地下铁公司），地铁的价格相对较贵（起步价170），旅客数量没有JR的多。
同时，也有一部分快线车，比如去成田机场的NEX，似乎是在既有线路上跑，但速度比其它的车要快。
地铁一日券不能乘坐JR，从JR换到地铁或者从地铁换到JR都要重新计费（私铁没尝试），日本JR之间换乘很容易，地铁之间换乘也很容易，但JR和地铁之间换乘可能就要多走几步了，只不过因为没有安检，所以比国内的换乘速度快。JR和地铁之间换乘，一般要多过一次闸机，甚至有些地铁线路之间换乘也要过闸机。
日本铁路客流量大是因为市区内的JR承担了地铁的通勤任务，日本JR的客流量也比地铁大，这是跟国内的情况不同的（我个人认为JR人多的另一个原因是便宜，同样的距离上JR要便宜50以上）。
上下班通勤：JR、地铁、私铁
市区-市郊：JR、私铁、部分快线车
城市间往返：新干线
在网上会流传一些东京轨道交通的图，这个图里实际上是混合了JR、私铁、地铁、新干线的大图，实际运营中，这些图都是分开用的，JR是JR，地铁是地铁，新干线是新干线，单独看某一张图，并不复杂。
比如这是全图（看上去超复杂）：

这是JR的线路图（含周边、新干线等）：

这是地铁（只看粗线条部分）：